內蒙古民族大學馬克思主義學院原為馬列教研部，2000年8月，與內蒙古民族大學同時成立，由原內蒙古民族師范學院、內蒙古蒙醫學院和哲里木畜牧學院三所本科院校的馬列教研部合并而成。根據教社科[2008]5號文件精神，于2009年1月16日更名為馬克思主義學院。2017年5月，被評為首批內蒙古自治區黨委宣傳部與學校共建的重點馬克思主義學院。2017年7月，為深化綜合改革，推動學校內涵式發展，校黨委決定，思想政治教育專業(師范類)由政法與歷史學院調整到馬克思主義學院。自此，馬克思主義學院不僅承擔著全校研究生和本專科生的思想政治理論課教學任務，同時也開始承擔思想政治教育本科專業建設和人才培養的任務，開始形成了本科生和碩士研究生相銜接的人才培養體系。

　　現設有馬克思主義基本原理、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論、習近平新時代中國特色社會主義思想、中國近現代史綱要、思想道德與法治、鑄牢中華民族共同體意識、形勢與政策、哲學、政治學和思想政治教育10個教研室;內蒙古自治區品牌專業1個、自治區精品課2門、一流課程2門、校級精品課2門、校級優秀課程1門、校級優秀教學團隊3個、實踐教學基地2個;馬克思主義理論一級學科碩士點1個、二級學科碩士點5個、專業碩士學位點1個。現有“內蒙古鑄牢中華民族共同體意識研究基地”“內蒙古鑄牢中華民族共同體意識大中小學思政課一體化教師培訓基地”“內蒙古思想政治理論課虛擬仿真體驗教學中心”各1個，是內蒙古自治區首批人文社會科學研究基地——“內蒙古東部經濟歷史文化研究基地”“內蒙古自治區社會主義核心價值體系研究基地”及國家民委首批人文社科重點研究基地——“蒙古族歷史文化與社會發展研究基地”的重要支撐單位;設有“大學生思想政治教育研究所”“北方民族研究所”“內蒙古民族大學思維機制及功能研究所”。