醫學院分布在四平路、滬北、滬西三個校區，有基礎醫學院、護理系、生物醫學工程與納米科學研究院、十院臨床醫學院、同濟臨床醫學院、東方臨床醫學院、肺科臨床醫學院、一婦嬰臨床醫學院、附屬楊浦醫院、附屬養志康復醫院、附屬皮膚病醫院、附屬天佑醫院(籌)、附屬浦東精神衛生中心(籌)、附屬普陀人民醫院(籌)、附屬康復醫院(籌)、附屬上海市第四人民醫院(籌)、附屬腦科醫院(籌)以及20余家教學醫院、社區衛生服務中心、實習基地，臨床教學資源豐富，附屬醫院總床位數12000余張。醫學院擁有8個國家臨床重點專科(胸外科、消化內科、產科、職業病科、呼吸科、中醫科、急診醫學和臨床護理專業)，和一批上海市重點學(專)科和臨床醫學中心。

　　為探尋同濟醫科的創新發展之路，近年來，同濟大學結合世界醫學發展前沿、未來趨勢以及國家需求，將醫科發展重點集中于對接國家重大需求、未來發展前景看好的“干細胞”“腫瘤”“腦與脊髓”“心臟”等幾大領域。2010年成立“轉化醫學高等研究院”，在各家附屬醫院布局并成立轉化醫學中心，凝煉四大方向。在建校110周年之際，基于附屬醫院的特色醫療資源，分別著力建設干細胞、腦與脊髓、心血管疾病、腫瘤生物治療等四大研究中心，采用靈活的雙聘機制，深化基礎研究與臨床應用的緊密合作。隨著這一戰略的深入實施，同濟大學在干細胞及轉化醫學領域的重大研究成果豐碩。同濟大學干細胞研究中心，現已成為上海市科創中心建設的重要組成部分。

　　醫學院以引進和培養一流人才為中心，現有教師系列高級職稱的在職人員共432名(含臨床醫學院及附屬醫院)，2019年具有研究生招生資格的碩士生導師519名、博士生導師291名。擁有中科院院士1名，中國工程院外籍院士1名，國家“973”和“863”計劃(含重大科學研究計劃、國家重點研發計劃)項目首席科學家17名，國家創新研究群體2個，教育部重點實驗室2個，教育部創新團隊1個，長江學者5名和國家杰出青年基金獲得者8名。聘請諾貝爾獎獲得者、中國工程院外籍院士Barry J. Marshall為特聘教授，參與本科生教學及臨床門診工作。建有以課題組長(PI)為核心的新型學術管理體制，引進和培養了一大批優秀人才。尤其是在“干細胞/再生醫學”領域獲得國家“973”和重大專項多項資助，建有“國家(華東)干細胞庫”、“干細胞與再生醫學國際聯合研究中心”、上海市IV類高峰學科“上海干細胞臨床轉化研究院”，并于2019年獲批建設“國家干細胞轉化資源庫”。近年來，醫學院獲批國家自然科學基金項目逐年遞增，近5年來醫學院承擔國家自然科學基金項目占同濟大學國自然獲批總數45%左右，尤其是2019年度在杰青、優青人才項目上獲歷史最好成績，新增杰出青年科學基金獲得者2名、優秀青年科學基金獲得者6名。先后承擔國家重點研發計劃、“973”(含重大科學研究計劃)、“863”計劃首席項目、國家科技重大專項等項目28項。在國際頂級學術期刊發表多篇重要學術論文，其中在Nature，Science，Cell等期刊上已發表影響因子20分以上的論文22篇，獲得了包括國家自然科學二等獎、國家科技進步二等獎、教育部自然科學一等獎、上海市自然科學一等獎、上海市科學技術進步一等獎、中華醫學科技成果一等獎等在內的一批科研成果。

　　醫學院擁有臨床醫學一級學科博士、碩士學位授予權;基礎醫學一級學科博士 、碩士學位授予權;臨床醫學專業學位博士碩士學位授予權;公共衛生與預防醫學、藥學、生物醫學工程一級學科碩士學位授予權;護理專業學位碩士授予權。醫學院每年招收全日制碩士研究生400余名，全日制博士研究生260名左右，非全日制學位博士研究生100余名。目前全日制博士碩士在校研究生2000余名，非全日制學位博士研究生500余名。

　　自2019年起，醫學院臨床醫學專業本科生(拔尖卓越培養)以“醫學實驗班”大類招生入學。第1學年在新生院完成公共基礎課通識教育，學年末根據本人志愿及學院/專業分流標準被選拔進入臨床醫學專業(145名左右);第2～4學年完成專業基礎課和專業課程學習，同時強化早期臨床、早期科研訓練和創新能力培養;第4學年末根據推免標準，按照一定比例進行本科后培養方向確定[本博貫通培養、本碩貫通培養、“5+3”一體化(四證合一)培養和常規本科培養];第5學年進行臨床通科實習，達到畢業標準后獲得醫學學士學位。另每年招收康復治療學專業學生30~40名，護理學專業學生10~20名，MBBS國際留學生約30名。目前，醫學院在校本科生約1000名。

　　醫學院秉承“精誠濟世，明道致遠”的辦學理念，建立了以“5+3”卓越醫師培養為主體、以拔尖創新醫學人才“貫通”培養為突破的臨床醫學專業人才培養體系，推行結果導向的醫學教育模式和課程體系，加強國際交流與合作，著力培養未來可發展成為具備“道術、學術、技術、藝術、仁術”綜合素養和能力，能夠解決臨床疑難問題、引領學科發展、具有國際競爭力的高層次、國際化的拔尖卓越醫學人才。近年來，醫學院學子先后獲得全國高等醫學院校大學生臨床技能競賽華東賽區特等獎，“挑戰杯”全國大學生課外學術科技作品競賽一、二、三等獎，全國大學生基礎醫學創新論壇暨實驗設計大賽一、二、三等獎，中國青少年科技創新獎，上海市青少年科技創新市長獎，上海大學生年度人物，寶鋼教育基金優秀學生特等獎等獎項。

　　醫學院緊扣國家“雙一流”的戰略決策，積極與國際一流醫學院合作，持續探索建設國際醫學院管理、醫學教育與研究體系。目前學院已與美國、德國、澳大利亞、英國、瑞士等國的知名醫學院開展了廣泛合作，引進優質師資與課程，搭建合作培養、學生交換、教師互訪任教、轉化醫學研究的國際合作平臺。每年20%~30%的學生有機會赴海外合作學校進行為期1周~3個月的交換實習或臨床輪轉;畢業生可以申請獲得國家留學基金管理委員會資助赴合作學校攻讀學位，或赴國外醫院接受包括住院醫師培養在內的多種形式的學習深造。學院常年邀請外籍教授來我院參加醫學基礎課和專業課的教學和學術交流。國際化已成為同濟大學醫學院的重要辦學特色之一。