飛行器工程（航空發動機）學院是在原機械工程系、航空與機械工程學院的基礎上逐步發展建立起來的。2009年6月，根據學校學科發展及專業設置的需要，由原航空與機械工程學院 “飛行器設計工程系”、“飛行器動力工程系”、“飛行器制造工程系”的航空維修技術與工程方向、大學生航空文化教研部和原土木建筑學院“力學教研部”、“力學實驗中心”、“ 實驗力學研究室”組建飛行器工程學院。2013年新增飛行技術專業，培養飛行學員。2017年8月，中國航空發動機集團與南昌航空大學簽訂戰略合作協議，成立航空發動機學院，和飛行器工程學院合署辦公，學院更名為飛行器工程（航空發動機）學院，招收飛行器動力工程專業（航空發動機方向）本科生。2018年9月，為適應江西省航空發展需求，“飛行器制造工程專業（航空維修技術與工程方向）”和飛行技術專業從學院分離出去，組建通航學院。飛行器工程（航空發動機）學院保留原有的“飛行器設計工程系”、“飛行器動力工程系”、“大學生航空文化教研部”、“力學教研部”、“力學實驗中心”、“ 實驗力學研究室”。

　　目前學院設有1個一級學科學術碩士點（航空宇航科學與技術），5個二級學科學術碩士點（航空宇航推進理論與工程，飛行器設計，工程力學、人機與環境工程、航空噪聲與振動工程），2個專業學位碩士點（航空工程，航天工程）；其中航空宇航科學與技術獲批江西省“一流成長學科”；2個本科專業（“飛行器設計與工程”、“飛行器動力工程”）。建有“江西省微小航空發動機”省級重點實驗室。下設“飛行器動力工程系”、“飛行器設計工程系”、大學生航空文化部及力學教研部”等4個系部；“力學實驗中心”、“飛行器綜合實驗中心”、及“力學研究中心”等3個研究中心，此外，還與國內相關行業的多家航空企業與研究機構建立了合作研究關系。

　　學院師資力量較為雄厚，擁有專職教師45人，碩士、博士學位教師占88.9%以上。其中正、副教授22人，碩士生導師22名（其中外聘8名），5人入選江西省各類高層次人才計劃。學院還聘請了10余名國內外知名學者、專家為兼職/客座教授。目前在院全日制本科生691人，研究生83余人（含在職研究生）。留學生本科生136人，留學生研究生5人。

　　學院結合學校和地域優勢，不斷探索、謀求發展，取得了豐碩的成果。近5年來，承擔國家級科技項目15項，省部級項目16項；申請發明專利33余項，授權發明專利10余項；發表論文260余篇，其中SCI/EI收錄 論文100余篇； 出版教材、論著11部；科研到賬4000余萬。在航空發動機封嚴環研制、航空發動機結構強度、無人機研制等領域取得了一批國內領先、推廣價值重大的成果，同時在相關領域形成了自己的特色與優勢。

　　學院已向社會輸送了近4000名本科生和研究生，并接受國外留學生。學院始終把提高教學質量放在首位，堅持教學改革與研究，倡導勤奮、嚴謹、求實、創新的教風、學風，促進學生健康成長、科學成才。畢業生具備較強的社會競爭力，受到用人單位的歡迎與好評，許多畢業生已成為航空航天及相關行業的專業技術人才。

　　學院成立以來，切實遵循“日新自強、知行合一”的校訓，始終堅持“一心一意育人才，千方百計謀發展”的辦學理念，堅持人才培養工作中心不動搖，堅持教學、科研協調發展不動搖，重視學生“知識、能力、素質”培養和鍛煉，為江西地方和航空航天及國防工業培養了大批專業技術人才。