研究院是深圳市政府和清華大學(xué)于1996年12月共建的、以企業(yè)化方式運做的事業(yè)單位，雙方各占50%股份，實行理事會領(lǐng)導(dǎo)下的院長負(fù)責(zé)制。研究院占地面積1.6萬平米、建筑面積3.2萬平米，1999年8月落成使用。

　　研究院恪守著清華“自強不息，厚德載物”的校訓(xùn)，秉承了深圳“敢闖敢試，兼容并蓄”的精神，以體制機制創(chuàng)新為核心，在實踐中形成了獨具特色的發(fā)展理念，確立了行之有效的發(fā)展戰(zhàn)略，各項工作持續(xù)不斷地取得了令人矚目的進展與成績。

　　研究院創(chuàng)立了“四不像”理論，即：研究院既是大學(xué)又不完全像大學(xué)，文化不同；研究院既是科研機構(gòu)又不完全像科研院所，內(nèi)容不同；研究院既是企業(yè)又不完全像企業(yè)，目標(biāo)不同；研究院既是事業(yè)單位又不完全像事業(yè)單位，機制不同。

　　研究院確定了“四三二一”戰(zhàn)略，即：四個加強，加強與清華的紐帶，加強與政府的互動，加強與金融的結(jié)合，加強與國際的合作；三個重點，重點人才、重點項目和重點園區(qū)；兩個關(guān)系，開拓發(fā)展和規(guī)范管理的關(guān)系，集體利益和團隊激勵的關(guān)系；一個核心，體制機制創(chuàng)新。