南京農業大學人才培養涵蓋本科生教育、研究生教育、留學生教育、繼續教育及干部培訓等各層次，建有“國家大學生文化素質教育基地”“國家理科基礎科學研究與教學人才培養基地”“國家生命科學與技術人才培養基地”“生物科學拔尖學生培養計劃2.0基地”和植物生產、動物科學類、農業生物學虛擬仿真國家級實驗教學中心，是首批通過全國高校本科教學工作優秀評價的大學之一。2000年，獲教育部批準建立研究生院。2014年，首批入選國家卓越農林人才培養計劃。南京農業大學在職研究生畢業既可以獲的畢業證書及學位證書。