安徽農業大學植物保護學院的前身是1960年設于原農學系的植物保護專業，1973年獨立建系。學院先后創設農業環境保護專業（環境工程專業）、應用微生物專業（生物技術專業）、環境科學專業、生態學專業、動植物檢疫專業。2004年經學校院系、學科調整后更名為植物保護學院。

　　學院現有植物病理學系、昆蟲學系和生物安全系三個系，一個植物保護省級實驗實訓示范中心，應用微生物和昆蟲資源利用2個研究所，省病理學會和昆蟲學會理事長單位。植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治和農藥學（共建）3個省級重點學科；植物保護一級學科及農業昆蟲與害蟲防治、作物安全生產（共建）、農業微生物學（共建）等4個博士學位授權點；植物保護學一級學科碩士授權點以及植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治學、農藥學（共建）等3個二級學科碩士學位授權點。現有農業農村部農作物品種審定特性鑒定站、農業農村部安徽省遷飛性害蟲雷達監測站、植物病蟲害生物學與綠色防控安徽普通高校重點實驗室、作物有害生物綜合治理安徽省重點實驗室、安徽省主要農作物品種抗病性研究與鑒定中心、安徽省農產品安全重點實驗室（共建）、安徽省植保技術培訓中心等省部級平臺。學院現有植物保護、動植物檢疫2個本科專業，1個本科實驗教學中心，植物保護專業為國家特色專業和省一流專業，動植物檢疫專業為安徽省綜合改革示范專業。

　　學院現有教職工57人，教學科研人員45人，其中教授17人，副教授16人，博士學歷教師45人，博士生導師7人，省級“115”產業團隊1個，省級教學團隊1個,安徽省學術及技術帶頭人(后備人選)4人，安徽省產業技術體系崗位4人，安徽省教學名師3人，省級教壇新秀2人，享受省政府津貼1人，省委領導聯系專家1人，全國模范教師1人，全國優秀科技工作者1人，安徽省先進工作者1人，省模范教師、省優秀教師、省師德先進個人3人。

　　學院立足研究教學型的辦學定位，堅持“安康天下 崇學事農”院訓，秉承嚴謹求實的學風和團結創新的作風，努力彰顯我校傳統學科的優勢與特色。五十多年來，學院培養了一大批植物保護高級技術人才。其中，博士和碩士畢業生500余人，本專科畢業生6000余人，為我省以及國家現代農業發展做出了重要貢獻。