政府審計學院成立于2015年12月，其前身可以追溯到1987年時設置的工業審計系。學院定位是建設審計理論研究基地，培養多層次高素質審計專業人才，打造服務國家治理與區域經濟發展的審計智庫。

　　學院師資結構合理，在政府審計與內部審計方向具有較強的師資力量。現有教師70人，其中教授17人（占比24%），副教授21人（占比30%），博士生導師4人，教育部新世紀優秀人才1人，財政部會計學術領軍后備人才2人，江蘇省“333高層次人才培養工程”2人，江蘇省高校“青藍工程”中青年學術帶頭人3人，江蘇省“六大人才高峰”高層次人才2人，江蘇省“青藍工程”優秀青年骨干教師培養對象2人。此外教師還擔任了財政部企業內部控制標準委員會咨詢專家、中國內部審計協會學術委員會委員、中國會計學會內部控制專業委員會委員、中國商業會計學會學術委員會委員、江蘇省內部審計協會會長與秘書長，多次參與了審計相關法律法規準則的制定與修訂工作。近年來，學院教師先后主持完成國家自然基金和國家社科基金13項、教育部人文社科基金、審計署重點科研課題、江蘇省社科基金等省部級以上科研課題15項，積極參與國家有關審計法律法規和標準的制定，承擔完成行政和企事業單位的橫向課題，完成專著10余部，在省級以上專業學術期刊上公開發表論文200余篇，其中在《會計研究》《審計研究》《中國行政管理》等權威期刊發表高質量學術論文20余篇。

　　學院現有審計學系、政府審計系和內部審計系。南京審計大學審計科學研究院、新時代中國特色社會主義審計理論研究中心、自然資源與環境審計研究院、現代審計發展研究中心等四個研究院（中心），中內協內部審計學院、中國內部審計協會內部審計發展研究中心，以及江蘇省內部審計協會等機構掛靠我院。學院長期重視學科建設，本學科已入選江蘇高校優勢學科建設工程一、二、三期項目；“現代審計理論與方法研究”為江蘇省“青藍工程”科技創新團隊；“現代審計發展研究中心”是江蘇省高校哲學社會科學研究基地，承擔了教育部哲學社會科學研究重大課題攻關項目“更好發揮審計在黨和國家監督體系中的重要作用研究”。

　　學院設有審計學本科專業，以及審計學（IAEP）特色專業方向，擁有審計學學術碩士和審計專業碩士（MAud）學位授予權。其中審計學專業入選國家一流本科專業建設點，為教育部特色專業建設點和“專業綜合改革試點項目”、江蘇省“十二五”重點專業、江蘇省A類品牌專業和江蘇省一流專業；審計學教學團隊為國家級教學團隊和江蘇省高校優秀教學團隊；“審計高等教育理論探索與實踐創新”獲江蘇省高等教育教學成果特等獎和國家級優秀教學成果二等獎。此外，學院還承擔了中國政府審計獎學金項目，為境外國家審計機關培養審計專業碩士人才。同時，學院與審計署以及各政府審計機關聯系密切，積極探索國民教育與職業教育的深度融合，不斷推進人才培養模式創新，學院已成為國內外政府審計重要的人才培養基地。