2005年2月，經(jīng)國務(wù)院學(xué)位辦批準(zhǔn)，大連海事大學(xué)成為工商管理碩士（MBA）、公共管理碩士（MPA）和法律碩士（J.M）三個專業(yè)學(xué)位碩士研究生培養(yǎng)單位。2005年3月，學(xué)校分別成立了以上三個專業(yè)學(xué)位教育中心。進入2006年，為進一步整合學(xué)校教育資源，強化對專業(yè)學(xué)位教育的管理，促進教育培養(yǎng)工作的開展，打造國內(nèi)一流的MBA、MPA和J.M品牌，學(xué)校研究決定成立專業(yè)碩士學(xué)位教育中心，后更名為專業(yè)學(xué)位教育學(xué)院。2011年，法律碩士教育中心由專業(yè)學(xué)位教育學(xué)院調(diào)整至法學(xué)院；同年3月，交通運輸部管理干部學(xué)院和大連海事大學(xué)合作共建北京研究院，掛靠專業(yè)學(xué)位教育學(xué)院。專業(yè)學(xué)位教育學(xué)院是大連海事大學(xué)的二級教學(xué)單位，全面負(fù)責(zé)交通運輸行業(yè)高層次人才的專業(yè)學(xué)位研究生教育和培養(yǎng)工作，是我校培養(yǎng)交通運輸領(lǐng)域高級管理人才的重要基地與窗口。學(xué)院設(shè)招生與市場開拓部、培養(yǎng)與學(xué)位管理部及辦公室三個部門，全面負(fù)責(zé)大連海事大學(xué)MBA、MPA教育的招生、培養(yǎng)、學(xué)生管理工作。學(xué)院獨特的辦學(xué)模式受到全國MPA教育指導(dǎo)委員會高度評價：“大連海事大學(xué)成立的專業(yè)學(xué)位教育學(xué)院，辦學(xué)體制獨特，發(fā)揮了科學(xué)管理的優(yōu)勢，有效地整合了學(xué)校優(yōu)勢學(xué)科與師資資源”。截止2015年9月底，學(xué)院現(xiàn)有專業(yè)學(xué)位碩士研究生826名，其中工商管理碩士（MBA）441名、公共管理碩士（MPA）385名，畢業(yè)生2500名。