2005年2月，經(jīng)國務院學位辦批準，大連海事大學成為工商管理碩士（MBA）、公共管理碩士（MPA）和法律碩士（J.M）三個專業(yè)學位碩士研究生培養(yǎng)單位。2005年3月，學校分別成立了以上三個專業(yè)學位教育中心。進入2006年，為進一步整合學校教育資源，強化對專業(yè)學位教育的管理，促進教育培養(yǎng)工作的開展，打造國內(nèi)一流的MBA、MPA和J.M品牌，學校研究決定成立專業(yè)碩士學位教育中心，后更名為專業(yè)學位教育學院。2011年，法律碩士教育中心由專業(yè)學位教育學院調(diào)整至法學院；同年3月，交通運輸部管理干部學院和大連海事大學合作共建北京研究院，掛靠專業(yè)學位教育學院。專業(yè)學位教育學院是大連海事大學的二級教學單位，全面負責交通運輸行業(yè)高層次人才的專業(yè)學位研究生教育和培養(yǎng)工作，是我校培養(yǎng)交通運輸領域高級管理人才的重要基地與窗口。學院設招生與市場開拓部、培養(yǎng)與學位管理部及辦公室三個部門，全面負責大連海事大學MBA、MPA教育的招生、培養(yǎng)、學生管理工作。學院獨特的辦學模式受到全國MPA教育指導委員會高度評價：“大連海事大學成立的專業(yè)學位教育學院，辦學體制獨特，發(fā)揮了科學管理的優(yōu)勢，有效地整合了學校優(yōu)勢學科與師資資源”。截止2015年9月底，學院現(xiàn)有專業(yè)學位碩士研究生826名，其中工商管理碩士（MBA）441名、公共管理碩士（MPA）385名，畢業(yè)生2500名。