土木工程學院的前身有兩個源頭，一是1951年成立的綏遠省高級工業學校的土木科；二是1958年成立的內蒙古建筑學院，院黨委書記由內蒙古建設廳廳長崔澤霖兼任，院長調原中華全國總工會海員工會副主席李大林擔任，副院長由內蒙古建設廳副廳長曾則西兼任。內蒙古建筑學院大學部設建筑工程系，有四年制本科和兩年制專科的工業與民用建筑專業，有四年制本科的建筑學專業。自治區政府高度重視建筑學院的建設，由清華大學對口支援內蒙古建筑學院，將原北京市建筑科學研究所副所長鄭鈁高級工程師（清華大學土木系1938年畢業）調任建筑工程系主任；專業教師主要是來自清華大學、天津大學、南京工學院（今東南大學）、同濟大學等院校的畢業生。1961年全國院系調整時，內蒙古建筑學院合并到內蒙古工學院，成立建筑工程系，“文革”期間停止招生。1975年工業與民用建筑專業恢復招生，1985年開設公路與城市道路專業。隨著土木建筑學科的發展，2000年學校決定將建筑工程系更名為建筑工程學院。為了更好的促進各專業發展，2008年學校決定將原建筑工程學院分為土木工程學院和建筑學院兩個學院，2012年土木工程專業通過住建部土木工程專業教育評估，2017年6月土木工程專業通過住建部土木工程專業教育評估（認證）。

　　目前，土木工程學院擁有土木工程、道路橋梁與渡河工程、給排水科學與工程、建筑環境與能源應用工程、工程管理和交通工程六個本科專業。學院還擁有工程力學二級學科博士授予權、土木工程一級學科碩士授予權，其中涵蓋巖土工程，結構工程，供熱供燃氣通風與空調工程，防災減災工程及防護工程和市政工程五個二級學科碩士授予權，以及交通運輸工程一級學科碩士授予權，包括道路與鐵道工程二級學科碩士授予權；此外還有建筑與土木工程領域的工程碩士授權點和工程管理碩士專業學位授權點。

　　學院現有教職工100人，其中教授13人，副教授38人，具有博士學位的教師22人，具有碩士學位的教師55人，在讀博士17人，博士生導師5人，碩士研究生導師36人。現有教師中許多人具有國家一級注冊結構工程師、注冊土木（巖土）工程師、建造師、造價師、設備師、監理工程師資格。目前在校本科學生2346人，研究生314人。

　　2005年土木工程專業被學校列為首批建設的“校級品牌專業”；2006年土木工程專業被評為“內蒙古自治區品牌專業”；2007年和2011年，建筑環境與能源應用工程和給排水工程科學與工程專業分別被評為“自治區品牌專業”；2008年“結構工程”碩士點被列為“內蒙古自治區重點學科”的培育對象。2013年建成內蒙古自治區土木工程結構與力學重點實驗室。2015年12月建筑環境與能源應用工程專業獲評為自治區級重點建設專業；2017年12月學院實驗中心獲批土木工程實驗教學示范中心。2018年全國第四輪學科評估中，土木工程學科為C-檔。

　　學院實驗室建筑面積為4334平米，計算機房面積為312平米，實驗設備總價值達3106.86萬元。學院設有圖書資料室，各專業現行設計規范和標準齊全，數量充足，能夠滿足學生日常學習、課程設計和畢業設計的需求。

　　學院學術氣氛濃厚，在內蒙古地區基本建設行業具有較大影響。不僅肩負著為自治區乃至全國培養工程技術人才的重任，同時承擔了多項國家級、省部級科研項目。近年來，學院教師承擔科研課題60余項；先后獲自治區自然科學獎、科技進步獎等省部級獎項5項；在國內外各類學術期刊和學術會議上發表科研論文160余篇，許多科研成果在工程建設中經轉化獲得了良好的經濟和社會效益。